南浦火车站始建于清光绪三十三年（1907年），当时称为日晖港货栈。日晖港货栈是当时上海地区唯一自备专用码头的铁路车站，因此主要负责黄浦江上货物的装卸，并和上海南站分别负担著沪杭铁路的货运和客运业务。1908年4月20日，沪杭铁路首列上海南站至松江站的客车开行，上海南站和日晖港站正式同时开通运营。
民国26年，八一三事变爆发，上海南站被炸毁，日晖港货栈接收货运业务和小部分客运业务，改称日晖港站。1958年更名为上海南站，1978年起因上海火车站（新客站）的建设，上海南站又接收了上海火车东站的水陆联运等货运业务。 1983年，上海南站的浦江码头进行了大规模改建，令码头能够停泊排水量达2000吨级的货轮。 2006年，随着新上海南站启用，原上海南站更名为南浦站。由于南浦站站址位于2010年上海世界博览会规划展区范围内，因此车站已经在2009年6月28日关闭，其货场设备已迁至新建的闵行站。
